Der Ursprung des Benediktinerklosters Füssen reicht zurück bis zum irischen Heiligen Sankt Magnus, der hier ein Oratorium errichtet hatte. Die Bischöfe von Augsburg errichteten schließlich im 9. Jahrhundert ein Eigenkloster. Heute befindet sich ein Museum im Kloster. Die Basilika kann unabhänig vom Museum besichtigt werden.

Die Christianisierung des Allgäus erfolgte vom schweizerischen St. Gallen aus mit Hilfe von irischen Mönchen. Die beiden bekanntesten sind Magnus und Theodor. Während Theodor in Kempten tätig wurde, zog Magnus weiter der Via Claudia folgend nach Füssen. Seinen Weg begleiten unzählige Legenden, die allesamt ähnlich verlaufen. Der Heilige Magnus bezwingt einen Drachen oder Lindwurm. Der bekannteste Kampf mit einem Lindwurm hat der Legende nach in Rosshaupten, einem wahrscheinlich alten Pferdeopferplatz, stattgefunden.

Magnus wurde zum meistverehrten Heiligen im Allgäu. Das Fresko in der Krypta der Magnuskirche in Füssen zeigt den heiligen Magnus mit seinen Mitbrüdern auf Wanderschaft. Das älteste Fresko stammt von der Reichenauer Schule von etwa 980.