Seit 1828 hatte das Gotteshaus den unterschiedlichsten Zweckbestimmungen gedient. Im Zuge der Umnutzung zum Getreidespeicher mit dem Einbau von Zwischenböden wurde die gesamte Kirchenausstattung entfernt. Auch die gotischen Kirchenfenster wurden der neuen Zweckbestimmung angepasst, die Malereien an den Wänden übertüncht. In der Folgezeit wurde das Gebäude immer wieder anders genutzt. Zuletzt stand es über längere Zeit leer. 

Die Wendung zum Besseren begann im Herbst 2000, als für die Bevölkerung im Rahmen des Tages des offenen Denkmals die Gelegenheit bestand, das über lange Jahre unzugängliche Gebäude zu besichtigen. Dessen Bedeutung und dessen Qualitäten wieder ans Tageslicht zu bringen, unternahm dann der im Sommer 2001 gegründete Förderverein Spitalkapelle zum Heiligen Geist. In Zusammenarbeit mit den Mitarbeitern des damaligen Landesdenkmalamtes wurde ein Renovierungs- und Nutzungskonzept erarbeitet und in den folgenden Monaten und Jahren zielstrebig umgesetzt.

Seit Abschluss der Renovierungsarbeiten wird die ehemalige Spitalkapelle als Ausstellungsraum für Skulpturen des Museums und für kulturelle Veranstaltungen genutzt.

Zu sehen sind hier hervorragende Beispiele Ulmer Bildhauerei um 1500. Doch auch das Kapellengebäude selbst mit seinen wertvollen Malereien aus den Jahren um 1500, der Zeit des Manierismus (um1600) und des Barocks stellt eine wesentliche Bereicherung dar. Die Bedeutung der Kapelle wird bereits durch die aufwendige Gestaltung des Portals zur Stadt hin deutlich. Der sogenannte Gnadenstuhl mit Gottvater und Christus am Kreuz in der Hauptnische, flankiert von betenden Engeln sowie den heiligen Augustinus und Georg im Gesprenge, stammen noch aus der spätgotischen Erbauungszeit.